Pengintegrasian sistem pembayaran tol meliputi tujuh ruas jalan tol yang melibatkan empat Badan Pengatur Jalan Tol (BUJT). Untuk ruas Jakarta-Brebes Timur dari tujuh gerbang tol menjadi tiga sehingga dapat mengurangi antreann. Pembayaran tetap dapat dilakukan secara tunai maupun non tunai menggunakan e-payment dari beberapa bank dan di Palimanan jadi gerbang bersama, dari 11 menjadi 26 gardu. Dengan beberapa pembenahan teknis pembayaran di gardu tol, idealnya satu mobil bisa kurang dari delapan detik.
Sebelumnya, Presiden Joko Widodo meresmikan penerapan integrasi sistem pembayaran tol di Brebes, Jawa Tengah, Kamis 16 Juni 2016. Integrasi sistem pembayaran tol terbagi dua cluster yaitu Jakarta-Cikampek-Purwakarta-Padalarang-Cilenyi serta Cikopo-Palimanan (cluster 1) dan Palimanan-Kanci-Pejagan-Pemalang (cluster 2).
Dengan terintegrasinya pembayaran tol dari Jakarta hingga Brebes Timur, maka transaksi dilakukan secara tertutup pada tiga gerbang tol yaitu Gerbang Tol Cikarang Utama (pengambilan kartu untuk cluster 1), Palimanan (pembayaran tol untuk cluster 1 dan pengambilan kartu untuk cluster 2) dan Brebes Timur (pembayaran tol cluster 2).
Pembayaran tol secara ekektronik dilakukan secara multibank serta ditunjang dengan partisipasi dari empat bank nasional yaitu Bank Mandiri, BCA, BNI dan BRI pada cluster 1 dan cluster 2 ditunjang oleh Bank Mandiri, BNI, dan BRI.
Selain Kementerian PUPR, ada beberapa kementerian/lembaga yang juga membahas Persiapan Arus Mudik Lebaran 2016 seperti Kementerian Perhubungan, Badan Meteorologi, Klimatologi dan Geofisika (BMKG), Korlantas Polri dan Badan SAR Nasional (Basarnas). (*)